Pessoal, costumo receber muitas, mas muitas vezes essa pergunta. Tanto que resolvi escrever um post a respeito, pois certamente deve ser a dúvida de outras pessoas também.
O GTD é uma metodologia. E, por isso, ele não está preso a nenhuma ferramenta. Você pode aplicar o GTD em pedaços de papel, assim como pode aplicá-lo em qualquer bom aplicativo gerenciador de tarefas. A melhor ferramenta, enfim, é aquela que você gosta mais.
O que acontece é que 99% das pessoas que começam a usar o GTD param nessa dúvida cruel da ferramenta e deixam de utilizar o método por causa dessa dúvida boba. Não existe “melhor ferramenta”, tá bem? Existe a metodologia bem aplicada no sistema que você usa.
Veja algumas ferramentas onde o GTD costuma funcionar muito bem:
Evernote
Eu utilizo todo o meu sistema GTD no Evernote. Dá até para ter agenda lá, se você quiser. O Evernote é totalmente customizável e você pode montar sua estrutura do GTD inteira lá da maneira que funcionar melhor para você. Eu mesma vivo fazendo testes e há uma série de modelos sobre como aplicar o GTD no Evernote na web.
Toodledo
O Toodledo é uma ferramenta que foi criada exclusivamente para o uso do GTD e, portanto, para mim, a melhor que existe para aplicação da metodologia. Ela peca em alguns pontos: ser somente online, não ter versão em português e ter menos aplicativos relacionados que o Evernote (dificulta centralizar tudo ali). Para quem trabalha o tempo todo online e inglês não é um problema, recomendo fortemente.
Outlook
Muitas pessoas utilizam o Outlook como sua principal ferramenta de trabalho e, nesse caso, recomendo que o GTD seja implementado dentro do próprio sistema de e-mails da Microsoft. É possível fazer isso através de pastas e categorias. Os treinamentos da Call Daniel são bastante focados na aplicação do GTD no Outlook.
Omnifocus
Imagem: Applezine
Nunca utilizei o Omnifocus, mas ele é recomendado por muitos usuários. Para mim, não funciona uma ferramenta que funciona apenas em um tipo de sistema operacional (neste caso, somente os dispositivos da Apple).
Todoist
Também nunca testei o Todoist, mas ele vem sendo citado como um dos queridinhos para uso do GTD. Se alguém tiver mais recomendações, por favor, deixe um comentário.
Wunderlist
O Wunderlist virou a opção padrão hoje em dia para gerenciador de tarefas, por ter versão em português e ser bastante divulgado. Porém, ele já teve tantos problemas de sincronização e perda de dados, que eu não costumo recomendar. Também não gosto da sua interface. Porém, a maioria das pessoas nunca teve problemas e recomenda bastante a ferramenta, então pode ser que ela sirva para você.
Todo o sistema GTD pode ser aplicado nas ferramentas do Google: Calendar, Gmail e Drive. É uma opção bastante prática para quem utiliza esses serviços, especialmente a agenda.
Pocket Informant
Pocket Informant é um aplicativo pago lindíssimo e prático, tanto para Android quanto para Apple. Eu apenas não o utilizo porque já me organizo em outra ferramenta e acho trabalhoso ficar mudando, mas já fiz testes e, se eu começasse do zero, acho que escolheria ele. O visual conta muito.
Papel
Por anos e anos as pessoas aplicaram o GTD no papel, usando cadernos, fichas 3×5, pastas, e sobreviveram. Não deixe a ferramenta bloquear a sua aplicação da metodologia. O que importa é fazer do GTD um hábito e aplicá-lo na ferramenta que você gostar mais. Se você for faixa preta no GTD, a ferramenta é o de menos, pois você saberá configurar qualquer uma delas. Foque na prática e na execução das suas tarefas.