Botões são miudezas que devem ser agrupadas para serem organizadas. Veja algumas ideias neste post para se inspirar e organizar os seus:
Eu tenho poucos botões (somente para substituição em roupas que já tenho se necessário), então costumo guardar todos dentro de um único pote de vidro. Para mim, funciona dessa forma simples. E você, como organiza os seus?